بدیهی است با کمک نرم‌افزار نمی‌توان محقق شد یا مقاله نوشت، اما در فرآیند تولید علم مراحل تکراری، وقت‌گیر یا پیش‌پاافتاده‌ای هستند، که بهتر است به مغز مجازی (کامپیوتر) سپرده شوند. در اینجا برخی از موارد پرکاربرد و معروف در دنیا معرفی می شوند. مورد اول برای همه دانشجویان و باقی موارد به دانشجویان علاقمند و به طور خاص دکتری توصیه می‌شوند:
1- نرم افزار مدیریت مراجع: این نرم‌افزارها به شما امکان می‌دهند به راحتی (بدون حتی زحمت تایپ کامل جزییات کتابشناسی یک مقاله یا کتاب) تعدادی از مراجع را از هزاران سایت علمی و به طور خاص سایت فراگیر ISI دانلود نموده، آنها را به صورت offline مدیریت کرده و سرانجام آنها را به شکل و فرمت مورد نظر جهت درج خودکار مراجع پایان‌نامه/مقاله یا چاپ و مطالعه یک مجموعه از چکیده مقالات مورد استفاده قرار دهید.
معروفترین نرم‌افزار از این خانواده Endnote است. پس از نصب این نرم‌افزار Plug-in آن درون Microsoft Word نصب می‌گردد و به کمک آن می‌توانید بدون نگرانی از ترتیب و فرمت مراجع، آنها را با یک کلیک ساده وارد متن خود کنید؛ چون آنها به صورت خودکار در انتهای متن (!!!Endnote) ظاهر خواهند شد. در نسخه‌های اخیر این نرم‌افزار بیش از 2000 استیل خروجی پیش‌بینی شده است، اما گاهی ممکن است فرمت خروجی مورد درخواست مجله یا همایش شما باز هم درون نرم‌افزار نباشد. در این حالت می‌توانید آخرین موارد تولید شده در وبسایت این نرم‌افزار را مورد توجه قرار دهید، و یا خودتان یکی از فرمت‌های مشابه را به صورت دلخواهتان درآورید ( از منوی Edit/Output Styles/Edit "Style Name").
همچنین از آنجایی که اکثر مجلات از شما می‌خواهند در مرجع نویسی از اسامی مخفف مجلات استفاده کنید، باید در منوی فوق الذکر استفاده از Abbreviation1 برای نام مجله را تأیید کرده و سپس به این شکل اسامی مخفف را برای همه مجلات مورد استفاده در مراجعتان تعریف کنید.
برای راهنمایی‌های بیشتر پیرامون این نرم‌افزار فیلم‌های آموزشی یا راهنمای فارسی آن را ببینید.
برای یافتن نرم‌افزار EndNote قفل شکسته می‌توانید اینترنت را جستجو کنید. سریعترین کار جستجو درون FTP دانشگاه است. نسخه‌های جدید در حال آمدن است. با این حال ویرایش نسبتاً قدیمی X1 رو پیشنهاد می‌کنم؛ چون سریعتر اجرا می‌شود. البته اگر از نسخه‌های جدیدتر استفاده کردید، این حقه مقداری باعث سرعت عمل شما می‌شود.
مرور اسلایدهای گام به گام دانشجویان را نیز برای آشنایی با این نرم افزار (و همچنین مقدماتی از مورد ذیل ) توصیه می‌کنم.
اخیراً نرم‌افزار رقیبی به نام Mendeley وارد شده است، که البته من هنوز مجبور به استفاده از آن نشده‌ام. این نرم‌افزار نیمی تحت وب و نیمی روی کامپیوتر شماست، ضمن ارائه قابلیت‌های پیشین Endnote دارای 2 قابلیت کلیدی دیگر نیز هست:
-
- امکان پرکردن خودکار مرجع از روی PDF مقاله
- ورود به شبکه اجتماعی این نرم‌افزار و تعامل و رهگیری محققین توسط شما و البته شما توسط محققین!
- امکان پرکردن خودکار مرجع از روی PDF مقاله
آقای کوروش اسفندیاری هم این متن مفصل را در مورد مقایسه نرم‌افزارهای مدیریت مراجع معرفی کرده‌اند.
2- نرم‌افزار مفهوم کاوی: در ابتدای ورود به یک مبحث تحقیقاتی معمولاً مدتی وقت تلف می‌کنید تا بفهمید "چی به چی" است. حال اگر از همان اول بدانید کلیدواژه شما عمدتاً به چه کلیدواژه‌هایی (و در واقع چه مفاهیمی) مربوط است، خیلی راحت‌تر می‌توانید جستجوی خود را هدایت کرده، بیهوده پرسه نزنید.
مبحث مفهوم کاوی به شکل بنیادی توسط همکاران محترم (آقای دکتر نقیب‌زاده و آقای دکتر کاهانی) پیگیری می‌شود و به نظر من دانشجویان گروه کامپیوتر به راحتی می‌توانند نمونه قویتری از این نرم‌افزار را طراحی کنند. بررسی‌های من نشان می‌داد،که روز به روز به تعداد این قبیل نرم‌افزارها اضافه می‌شود. به کسانی که دنبال پیدا کردن بهترین نرم‌افزار برای کار خود می‌باشند، توصیه می‌کنم به مقاله مروری جدیدی مراجعه کنند که به بررسی و مقایسه 14 نرم‌افزار تجاری این عرصه پرداخته است.
یکی از معروفترین موارد نرم‌افزار RefViz می‌باشد، که البته اخیراً نسخه دانلودی آن را از سایت اصلی برداشته‌اند و باید به FTP مراجعه کنید. با کمک این نرم‌افزار می‌توان هزاران چکیده مقاله را یکجا بررسی کرد، البته هر چقدر حوصله و دقت نظرتان بیشتر باشد، اطلاعات بیشتری را می‌توانید با کمک این نرم‌افزار استخراج نمایید و بفهمید در این زمینه چه خبر است و اصطلاحاً "چی به چی است؟".نکات بیشتری پیرامون جایگاه و فواید این نرم‌افزار و نمونه کارهای من با استفاده از این نرم‌افزار را هم می‌توانید ببینید. نصب نرم‌افزار Endnote همراه با این نرم‌افزار کار ورود داده به آن را ساده می‌کند. در ضمن اگر در درازمدت یا اصولی می‌خواهید با آن کار کنید باید Thesaurus آن را مطابق تخصص خود به‌روز کنید (مثلاً کلمات هم معنی را یکی کنید، مثل یکی از آخرین نسخه‌های من).مورد مفهوم کاوی در جستجوی ساده اینترنت نیز خیلی به درد می‌خورد. برخی از این نرم‌افزارها عبارتند از:iMetaSearch ، Axioma و Aduna AutoFocus. به خصوص iMetaSearch برای جستجوی سریع گوگل دیدنی است؛ البته درون دانشگاه، این نرم‌افزار با پروکسی کار نمی‌کند و باید حتماً از VPN استفاده کنید.
3- نرم‌افزار کتابخانه شخصی: هنگامی که در وب سیر می‌کنید، مطالب بدردبخور فراوانی را می‌یابید، که اگر به درستی ذخیره نشوند، بازیابی و گزارش‌گیری از آنها بسیار مشکل خواهد بود. در این زمینه نرم‌افزارهای متعددی وجود دارند (مثل Onfoli که روی Internet Explorer نصب می‌شود). با این حال من از نرم‌افزار کوچک Net Snippets 3.3 استفاده می‌کنم. مهمترین نکته در این نرم‌افزارها این است، که در هنگام ثبت متن یا فایل می‌توانید برداشت خودتان را از آن به صورت یادداشت کوتاه یا کلمه‌کلیدی اضافه کنید تا در هنگام بازیابی سریعتر آن را یافته و آسانتر به کار ببندید.
4- نرم‌افزار اطلاع‌یابی سریع از پیشرفت‌های دنیا: این بخش بیشتر برای دانشجویان دکتری اهمیت می‌یابد، که لااقل طی حدود 3 سال برای تبیین نوآوری و نیز بحث روی نتایج خود به آگاهی از مقالات جدید نیاز دارند. تقریباً همه مجلات معتبر و تأثیرگذار دارای یک سرویس Email Alert و/یا RSS می‌باشند. نمونه ای از این سرویسها در حوزه فناوری نانو را می توانید ببینید (البته خیلی به‌روز نیست).
پس از این که زمینه تحقیقاتی خود را تعیین کردید، با کمک کلمات کلیدی آن می‌توانید مقالات جدید را از میان انبوه وروردی‌های RSS شکار کنید. برای اعمال دقیق کلمات کلیدی، من از Thunderbird یا Microsoft Outlook استفاده کرده‌ام. در Thunderbird می‌توان ترکیب بولی پیچیده کلیدواژه‌ها را به کار برد ولی در هنگام بروز شدن امکان دریافت موارد تکراری هست. با این حال در Microsoft Outlook تنها OR/AND به شکل ساده قابل اعمال است ولی مشکل دریافت تکراری را ندارد.
5- نرم‌افزار ویرایش متن: اکثر افراد -بدون این که بدانند- در هنگام نوشتن متون انگلیسی دچار زیاد نویسی و یا استفاده از کلیشه‌های تکراری و نازیبا می‌شوند. نرم‌افزار StyleWriter (لینک دانلود از ftp دانشگاه) مجموعه‌ای از این غلطهای متداول را به شما گوشزد می‌کند. با این حال الزاماً همه پیشنهادات اصلاحی این نرم‌افزار مناسب نیست و شما خود باید روی تک‌تک پیشنهادات تصمیم‌گیری کنید. در ضمن زمان استفاده از این نرم‌افزار اندکی قبل از ارسال مقاله و در مرحله اعمال تصحیح کلمات و جملات است. لذا استفاده از این نرم‌افزار پیش از شکل‌گیری اسکلت مقاله و تأیید مفاهیم به معنی اتلاف وقت است.
6- نرم‌افزار تبدیل عکس به جدول داده: یک‌سری از آنالیزهای قدیمی موجود مثل طیف‌سنجی مادون‌قرمز به جای فایل اکسل به شما پرینتی از نمودار را می‌دهند. حال برای تهیه نمودار واحد و با کیفیتی از چند طیف مشابه، چاره‌ای جز تبدیل عکس نمودار به داده‌های اکسل وجود ندارد. یکی از معروفترین نرم‌افزارهایی که این مهم را برای شما انجام دهند، Graph Converter می باشد.